Za samo okužbo s HPV ne obstaja zdravilo (virusa ne moremo odstraniti), lahko pa zdravimo spremembe, ki nastanejo kot posledica okužbe s HPV.
Posledice okužbe z manj nevarnimi genotipi HPV niso prijetne, ker se lahko pojavijo bradavice in papilomi, ki so trdovratni in moteči. Genitalne bradavice (strokovno jih imenujemo tudi kondilomi) lahko povzročajo nelagodje, draženje ali celo bolečine, na primer pri hoji, sedenju ali spolnih odnosih. Zdravljenje pogosto zahteva odstranjevanje z zamrzovanjem (krioterapijo), laserskimi posegi ali drugimi metodami, kar je lahko neprijetno.
Bolj skrb vzbujajoče so posledice okužb z nevarnejšimi genotipi HPV, ki so lahko predrakave spremembe in rak na različnih delih telesa tako pri ženskah kot pri moških. Zdravljenje predrakavih sprememb materničnega vratu lahko oslabi maternični vrat, kar poveča tveganje za zaplete med nosečnostjo, kot je prezgodnji porod. Na splošno pa kasneje ko odkrijemo raka, zahtevnejše je zdravljenje, ki lahko vpliva na zdravje in kakovost življenja.
Za ženske obstaja učinkovit presejalni program za zgodnje odkrivanje predrakavih sprememb in raka materničnega vratu (državni program ZORA), za moške pa takega presejalnega programa zaenkrat še ni.