Najpomembnejši virusi, ki se prenašajo z vodo so tisti, ki se razmnožujejo v prebavnem traktu človeka in izločajo z blatom (enterični virusi). V onesnaženi vodi so našli: adenoviruse, astroviruse, caliciviruse, enteroviruse (polio, coxackie, echo, enterovirusi), viruse hepatitisa A, hepatitisa E in rota viruse. Njihov naravni rezervoar, razen za hepatitis E, so ljudje. Virusi se nahajajo v blatu okuženih pri simptomatski in asimptomatski okužbi. Čeprav se zunaj celic gostitelja ne morejo razmnoževati, pa nekateri preživijo v okolju in ostanejo infektivni. V sladki vodi lahko preživijo nekaj mesecev. Prisotnost enteričnih virusov v pitni vodi je nedvomen dokaz fekalnega onesnaženja.
Ker so vsi omenjeni virusi bolj rezistentni na dezinfekcijska sredstva od E. coli, odsotnost E. coli ni zanesljiv pokazatelj odsotnosti ali prisotnosti virusov v pitni vodi. Zaradi večje rezistence so bili kot boljši indikatorji za prisotnost virusov v pitni vodi predlagani enterokoki in spore Clostridium perfringensa.
V Uredbi o pitni vodi (Ur.l.RS št.: 61/2023) virusi niso omenjeni, so pa zajeti v 6. členu, kjer je navedeno, da je pitna voda zdravstveno ustrezna, kadar ne vsebuje mikroorganizmov, parazitov in njihovih razvojnih oblik v številu, ki lahko predstavlja nevarnost za zdravje ljudi.
Današnje laboratorijske metode ne upravičujejo rutinskega spremljanja virusov v pitni vodi. Direktna detekcija je upravičena ob epidemiološki indikaciji ali za oceno uspešnosti med testiranjem naprave za pripravo vode. Vendar moramo vedeti, da negativni rezultati ne pomenijo nujno, da ni bilo virusov v vodi v času vzorčenja, niti da jih ni bilo v času, ko je bila populacija izpostavljena. Izolacija virusa iz vode pa sama po sebi ne dokazuje, da je bila voda pot prenosa bolezni, kaže pa na to, da tveganje obstaja.
Preprečevanje bolezni, ki jih povzročajo virusi s prenosom preko pitne vode zajema preprečevanje kontaminacije na viru in med distribucijo ter ustrezno pripravo vode, vključno z dezinfekcijo. Sistem večkratnih ovir je torej najuspešnejši način.
O morebitni prisotnosti enteričnih virusov v pitni vodi, nam poleg drugih fekalnih indikatorjev govorijo predvsem enterokoki in spore Clostridium perfringensa ter epidemiološka situacija. Ker je s higienskega vidika prisotnost enteričnih virusov v pitni vodi nedvomen dokaz fekalnega onesnaženja, taka voda brez ustrezne priprave ni primerna za uporabo kot pitna voda. Glede ukrepov veljajo enake zahteve, kot pri drugih primerih fekalne kontaminacije, to je, da je do ureditve ustreznih postopkov priprave vode oziroma odprave vzrokov potrebno prekuhavanje pitne vode pri uporabi za pitje, kuhanje in pripravo hrane (ukrep omejitve).