SLOSEQ (Konsolidacija in integracija sekvenciranja celotnega genoma (WGS) v rutinski nadzor v Sloveniji)

Uradna spletna stran projekta na naslednji povezavi.

Opis projekta

Ozadje

V okviru tega predloga nepovratnih sredstev bodo še naprej sodelovali trije neodvisni subjekti, ki so že partnerji v HERA 2021: NLZOH (nacionalna javnozdravstveni laboratorij), UL-IMI (diagnostični in akademski laboratorij) in NIJZ (nacionalni inštitut za javno zdravje). V skladu z pričakovanjem razpisa in splošnega cilja programa EU4Health za zaščito ljudi v EU pred resnimi čezmejnimi grožnjami (Uredba EU 2021/522) in nacionalnih potreb bomo še naprej širili projekt, začet v okviru HERA 2021. Nameravamo razvijati nadaljnje raziskave vzpostavljene infrastrukture RT-PCR in WGS. Zahtevani cilji bodo uresničeni v tehnično/znanstvenem delu projekta.

Cilji

1. Boljša pripravljenost in odziv na grožnje v javnemu zdravstvu.
2. Trajnost javnozdravstvenega mikrobiološkega sistema.
3. Bližnjice do ciljev e-zdravja, hitro poročanje mikrobioloških povzročiteljev v bolnikovo kartoteko in v e-pod. zdravstveni sistem.
4. Napredek k skupnemu evropskemu prostoru zdravstvenih podatkov.
5. Napredek pri izvajanju evropskega akcijskega načrta Eno zdravje proti protimikrobni odpornosti.
6. Ohraniti in okrepiti zmogljivosti genomskega nadzora in odziva na epidemije v Sloveniji

Faze projekta in njihova realizacija:

Delo bo potekalo v 8 delovnih paketih (DP):

DP 1- Koordinacija in vodenje projekta, ki zagotavlja koordinacije partnerjev ter znanstvenega in učinkovitega upravnega upravljanja projekta. S tem bomo zagotovili, da se vsa dejanja izvajajo v skladu s pravnimi, etičnimi, finančnimi in upravnimi pravili in predpisi. Zagotovili bomo nadzor nad vsemi pogodbenimi obveznostmi, ki se izvajajo v okviru opredeljenega proračuna in po najvišjih standardih kakovosti. Zagotavljanje celotne podpore vodjem DP in pomoč pri pripravi poročil o napredku.

DP 2- Visoko zmogljivo odkrivanje SARS-CoV-2, spremljanje in odkrivanje znanih in nastajajočih novih različic SARS-CoV-2 bo skupni delovni program NLZOH in UL- IMI; njegov cilj bo dodatno povečati zmogljivosti RT-PCR za odkrivanje SARS-CoV-2, nadaljevanje nacionalnega nadzora v realnem času in razširitev raziskav na vzorce iz posameznike okužene s SARS-CoV-2 po (polnem) cepljenju proti Covid-19;

DP 3-Ta paket bo prispeval k okrepljenemu genomskemu nadzoru dodatnih patogenov in vključitev WGS za izbrane patogene v rutinske dejavnosti javnega zdravja;

DP 4- Konsolidirali bomo analizo podatkov in omogočili visoko kakovostne rezultate z razvojem delovnih tokov, specifičnih za patogene, in njihovim združevanjem v uporabniku prijazno odprtokodno programsko opremo. Priprava in oblikovanje poenostavljene programske opreme za analizo in obdelavo podatkov sekvenciranja genoma. Implementacija programske opreme v laboratorijih za obdelavo podatkov sekvenciranja genomov;

DP 5- Proučili bomo obstoječe digitalne podatkovene toke o genomskem spremljanju virusa SARS-CoV-2 in nadgradili orodja, ki se uporabljajo za terensko ukrepanje. Omogočili bomo tako hitro in učinkovito odzivanje in poglobljeno spremljanje variant virusa za katere je nujno izvajati dodatne ukrepe.

DP 6- Komuniciranje in razširjanje rezultatov raziskav v DPjev med ciljno javnost. Komuniciranje rezultatov projekta z znanstveno skupnostjo, oblikovalci politik o rezultatih in vplivu projekta ter Komuniciranje s širšo javnostjo o rezultatih in vplivu projekta;

DP 7- Ta delovni pket temlji na oceni znanstvenega in administrativnega dela akcije, oceni etičnega okvira, oceni načrta obvladovanja tveganj ter končne revizijske ocene.

DP 8-  Ta paket bo poskrbel za trajnost projekta, tako, da: se vzpostavi konsolidacija stroškovno učinkovitega nadzora in raziskav WGS, optimizacija logistike zbiranja in arhiviranja vzorcev ter dolgoročni načrt nadzora patogenov WGS v sodelovanju z NIJZ.

Dodana vrednost:

Skladno s splošnimi cilji tega razpisa bomo zagotovili: boljšo pripravljenost in odziv na grožnje javnemu zdravju, trajnost mikrobiološkega sistema javnega zdravja, bližnjica do ciljev eZdravja, hitro poročanje mikrobioloških povzročiteljev v pacientovo kartoteko in v e-temeljen zdravstveni sistem, napredek v smeri skupnega evropskega prostora zdravstvenih podatkov, napredek pri izvajanju evropskega enotnega zdravja Akcijski načrt proti protimikrobni odpornosti, ohranjanje in krepitev genomskega nadzora in zmogljivosti odziva na epidemije v Slovenija in izmenjava podatkov v različnih javnih domenah

Pričakovani rezultati in gradiva:

Združiti strokovno znanje pri odkrivanju in okrepljenem spremljanju pojavnih in znanih različic SARS-CoV-2. Nadgradnja nacionalnega sistema e-zdravje in poročanje ECDC  na način, da bodo obstoječi cevovod podatkov genomskega nadzora in orodja, ki se uporabljajo za zbiranje podatkov o nadzoru SARS-CoV-2, implementirana z avtomatskimi opozorili za nadzor, hkrati pa se bo zagotovilo okolje za epidemiološko preiskavo, zbiranje podatkov, in iskanje stikov za odzivne ekipe. Zapis in priprava analize podatko, kar bo omogočilo kakovostno obveščanje vseh deležnikov za nadaljnje izboljšanje odzivnega časa. Poglobljeno znanje programiranja za izgradnjo programske opreme. Zagotoviti trajnostni načrt za nadaljnjo implementacijo in širšo uporabo razvitega sistema.

Trajanje projekta: 1. 7. 2023 do 30. 6. 2025.

Nosilna organizacija: Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH)

Projektni partnerji: Univerza v Ljubljani(UL) in Nacionalni inštitut za javno zdravje (NIJZ)

Financiranje: Projekt je sofinanciran s sredstvi EU preko programa EU4Health v okviru Pogodbe o sodelovanju, št. 101112671.

Izjava o omejitvi odgovornosti:

Financirano s strani Evropske unije. Izražena stališča in mnenja pripadajo avtorjem in ne odražajo nujno stališč in mnenj Evropske unije ali Evropske izvajalske agencije za zdravje in digitalno tehnologijo (HaDEA). Zanje ne moreta biti odgovorna niti Evropska unija niti organ, ki sofinancira akcijo.