Milan Krek je po zaključenem študiju na Medicinski fakulteti Univerze v Ljubljani opravil specializacijo iz javnega zdravja, natančneje socialne medicine. Leta 1990 so na njegovo pobudo v Kopru vzpostavili Lokalno akcijsko skupino in naslednje leto program zdravljenja odvisnosti, ki je temeljil na javnozdravstvenem pristopu. Kasneje je prevzel vodenje Urada za droge pri Vladi Republike Slovenije, ki je imel pomembno vlogo pri vzpostavljanju sodobnega celostnega odgovora družbe na pojav drog. Leta 2006 je prevzel vodenje Zavoda za zdravstveno varstvo Koper, kjer je ostal direktor do združitve območnih zavodov za zdravstveno varstvo z Inštitutom za varovanje zdravja RS. Z združitvijo v Nacionalni inštitut za javno zdravje leta 2014 je postal vodja območne enote Koper.
Vrsto let je dejaven kot asistent na katedri za javno zdravje na Medicinski fakulteti v Ljubljani, od leta 2008 pa vodi tudi nacionalno informacijsko točko na področju drog.