Najpogostejši neželeni učinki po cepljenju so lokalne reakcije (rdečina, oteklina, bolečina na mestu aplikacije), ki so običajno blage in izzvenijo v nekaj dneh. V zadnjih dvajsetih letih smo v register neželenih učinkov (stranskih pojavov) pridruženih cepljenju prejeli le dve prijavi neželenih učinkov po cepljenju proti tuberkulozi, in sicer v letih 2011 in 2013. V tem obdobju nismo prejeli nobene prijave resnega neželenega učinka po cepljenju proti tuberkulozi.
Cepljenje proti tuberkulozi se v Sloveniji izvaja pri novorojenčkih, katerih starši so se v zadnjih petih letih pred rojstvom novorojenčka priselili iz držav z višjo incidenco tuberkuloze in zamudnikih. Cepljenje je priporočljivo tudi za novorojenčke, ki bodo v prvih letih življenja stalno bivali ali pogosto obiskovali države z višjo incidenco tuberkuloze, priporočljivo pa je tudi za otroke do zaključenega 5. leta starosti, katerih matere se zdravijo zaradi tuberkuloze.